В коронавирусе обнаружили неизвестный ген

Международная группа исследователей обнаружила у SARS-CoV-2 неизвестный скрытый ген, который мог способствовать пандемическому масштабу вирусной инфекции. О научной работе, опубликованной в журнале eLife, кратко рассказывается в пресс-релизе на Phys.org.

Ученые обозначили новый ген, перекрывающийся с другими генами, как ORF3d. Он также присутствует в ранее обнаруженном коронавирусе панголинов. Кроме того, ORF3d способен вызывать сильный ответ антител у пациентов с COVID-19, что означает, что он кодирует белок, вырабатываемый в ходе инфицирования человека. Кроме того, он нераспознаваем для иммунных Т-клеток, и специалисты считают, что это может давать коронавирусу преимущества, сыгравшие роль в усилении пандемического потенциала.

В РНК-геноме коронавируса содержится около 15 генов — участков РНК, в которых закодирована аминокислотная последовательность того или иного белка. Каждой аминокислоте соответствует определенная комбинация из трех нуклеотидов, называемых триплетами. Последовательность из триплетов, способная кодировать белок, называется открытой рамкой считывания (ORF). Однако может возникнуть ситуация, когда смещение на один или два нуклеотида порождает внутри гена новую рамку считывания, которая кодирует совершенно другую аминокислотную последовательность. Перекрывающиеся ORF встречаются довольно редко, однако увеличивают число белков, который способны синтезировать вирусы.

ORF обычно определяются триплетами, называемые стартовыми и стоп-кодонами. Они показывают, где начинать считывать информацию для синтеза белка и где заканчивать синтез. Однако иногда рядом стоящие нуклеотида из разных триплетов чисто случайно образуют комбинацию, характерную для таких кодонов. Это осложняет поиск перекрывающихся ORF.

Ученые обратили внимание на ORF3d, поскольку он кодировал слишком длинную пептидную цепь, чем если бы это была случайная рамка считывания. Существование достаточно протяженной ORF обычно указывает на существование в данном участке ДНК или РНК (в случае коронавирусов) гена.